Для этого задания я выбрала белок миоглобин.
| Gencode ID | ENSG00000198125.13 |
|---|---|
| Короткое имя гена | MB |
| Цепь | обратная |
| Хромосома | 22 |
| Плечо и полоса | chr22:q12.3 |
| Число альтернативных продуктов (транскриптов) | 10 |
| Номер транскрипта | Gencode ID транскрипта | Координаты транскрипта в хромосоме (включая UTR) | Число экзонов | Длина последовательности белка |
| 1 | ENST00000359787.5 | Chromosome 22: 35,606,764-35,623,354 | 4 | 154 aa |
| 2 | ENST00000397328.5 | Chromosome 22: 35,606,764-35,617,508 | 4 | 154 аа |
| 3 | ENST00000397326.7 | Chromosome 22: 35,606,764-35,617,329 | 3 | 154 аа |
Было получено изображение с указанными треками.
Было построено выравнивание гена MB с гомологичным геном шимпанзе при помощи базы Ensembl.
Я получила информацию о различиях с помощью команды infoalign humanchimp.fasta -only -name -heading -diffcount -change -seqlength -html result.fasta
| Name | Sequence Length | Difference | % Change |
|---|---|---|---|
| homo_sapiens_1-32517 | 32388 | 0 | 0.396716 |
| pan_troglodytes_1-32517 | 32143 | 1312 | 5.184980 |
Длина выравниваня: 32517. Различий 1312. Посчитаем процент различий на 100 нуклеотидов: (1312*100)/32517 =4.0%. Такой результат соответствует найденной инофрмации о том, что различие генома шимпанзе и человека не более чем на 4-5%.